Der Biognosys-Gruppeein führendes Unternehmen im Bereich massenspektrometriebasierter Multiomics, kündigt Fortschritte in seinem integrierten Multiomics-Portfolio an und hebt dabei Software der nächsten Generation, Probenvorbereitung, Anreicherung und Trenntechnologien für Proteomik und Metabolomik hervor. Mit der Einführung von Spektronaut 21 und SpectroMine 6, kontinuierliche Innovation bei hochempfindlichen gezielten Tests und optimierte Arbeitsabläufe, einschließlich iST-S, P2 Einzelpartikelanreicherung, FFPE-Gewebe-Workflows und PepSep nanoLC-Lösungen, die Biognosys-Gruppe verbessert die Empfindlichkeit, Reproduzierbarkeit und den Durchsatz weiter und ermöglicht eine skalierbare, qualitativ hochwertige molekulare Profilierung für Anwendungen in der Entdeckung, der translationalen und klinischen Forschung.

Spectronaut 21 und SpectroMine 6 setzen neue Maßstäbe in der DIA- und DDA-Proteomik: Spektronaut 21 erhöht die Identifizierungsraten mit etwa 10 % mehr Proteingruppen in einer Kohorte von 65 Proteomik-Datensätzen und etwa 11 % mehr Peptiden in einer Kohorte von 27 Immunpeptidomik-Datensätzen, ermöglicht durch Advanced directDIAKI-gesteuerte Vorhersage seltener PTM-Parameter der nächsten Generation, verbesserte PTM-Lokalisierung und Stöchiometrie, verbesserte Recheneffizienz bis zu 15 % schnellere Verarbeitung von directDIA Daten und neue benutzerzentrierte Funktionen für PTM- und Etikettierungs-Workflows.

Yansheng Liu, PhD, außerordentlicher Professor an der Yale University School of Medicine, Abteilung für Pharmakologie, sagte: „Spectronaut ist aufgrund seiner hohen Leistung und benutzerfreundlichen Oberfläche unsere bevorzugte DIA-Analysesoftware, die die Analyse unserer komplexen und multiplen DIA-Datensätze sowohl einfach als auch zuverlässig macht.“

Prof. Dr. Matthias Mann, Direktor der Abteilung für Proteomik und Signaltransduktion am Max-Planck-Institut für Biochemie, sagte: „Spectronaut ist eine hervorragende Ergänzung unserer Informatikfähigkeiten, insbesondere aufgrund seiner gründlichen Analyse groß angelegter DIA-Phosphopeptiddaten und seines fortschrittlichen Modifikationslokalisierungsalgorithmus.“

Biognosys und SISCAPA Assay Technologies arbeiten zusammen, um hochempfindliche gezielte Proteomik für klinische Forschungsanwendungen voranzutreiben: die Partnerschaft vereint Biognosys‚Expertise in Proteomik und Datenanalyse mit der Peptid-Antikörper-Anreicherung von SISCAPA für die hochempfindliche absolute Proteinquantifizierung. Ein hochempfindlicher Test zur Quantifizierung der UBE3A-Proteinspiegel in der menschlichen Gehirn-Rückenmarks-Flüssigkeit (CSF) unterstützt die Überwachung der therapeutischen Forschung bei Patienten mit Angelman-Syndrom. Dies unterstreicht das Potenzial der gezielten Proteomik, präzise, ​​klinisch umsetzbare Biomarkermessungen zu ermöglichen.

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Oliver Rinner, PhD, Senior Vice President der Biognosys Group, kommentierte: „Die klinische Entwicklung erfordert nicht nur vielversprechende Therapieansätze, sondern auch zuverlässige Instrumente, um zu messen, ob diese Therapien ihre beabsichtigte Wirkung haben. Durch die Kombination der Expertise von Biognosys in hochempfindlicher, quantitativer Proteomik mit dem LITE-Framework von MJFF wollen wir die Entwicklung von Biomarkern beschleunigen, die die Entwicklung von Parkinson-Medikamenten leiten und das Risiko klinischer Studien verringern können.“

iST-S ermöglicht reproduzierbare Tiefenproteomik mit hohem Durchsatz aus Proben mit extrem geringem Input: Biognosys Geschenke iST-Seine optimierte Erweiterung des Trusted PreOmics iST Arbeitsablauf, der eine robuste proteomische Tiefe aus Probeneingaben im Submikrogrammbereich ermöglicht. Die optimierte iST-S Die Technologie liefert eine erschwingliche und hoch reproduzierbare proteomische Tiefe bereits ab 0,5 µg Ausgangsmaterial. Internes Benchmarking auf verschiedenen LC-MS-Plattformen, darunter timsTOF HT und Orbitrap Astral, zeigt eine konsistente Identifizierung von ~7.500 Proteingruppen über 0,5–10 µg Inputs von HeLa- und HEK293-Zellen. Wichtig ist, dass die erhaltenen physikalisch-chemischen Eigenschaften des Peptids eine zuverlässige Erkennung von Proteinen wie CDK9, HDAC1 und ERBB2 selbst bei niedrigsten Eingabemengen gewährleisten. In allen häufig verwendeten Krebszelllinien iST-S ermöglicht bis zu 10.000 Proteinidentifizierungen mit hoher Reproduzierbarkeit (CV ~10 %), was seine Eignung für standardisierte Proteomik mit geringem Aufwand und hohem Durchsatz sowie groß angelegte Screening-Anwendungen unterstreicht.

Die optimierte P2-Einzelpartikelanreicherung erweitert die tiefe Proteomabdeckung auf Serumproben: Biognosys stellt den Roman vor P2 Einzelpartikelanreicherung, optimiert für Serum und alternative Plasmamatrizen, wodurch die Leistung der proteinkoronabasierten Anreicherung über EDTA-Plasma hinaus erweitert wird. P2 nutzt die Bildung einer Proteinkorona auf einem einzelnen konstruierten Partikel, um eine reproduzierbare Anreicherung mit hohem Durchsatz in einem Single-Well-Format zu ermöglichen. Im Vergleich zum Original P2-iST Plasma-Kit und saubere Messungen zeigt der optimierte Arbeitsablauf bis zu vierfach erhöhte Protein-IDs in Serum und Heparinplasma mit robuster quantitativer Leistung. Linearitätsexperimente zeigen eine hervorragende Korrelation (R² bis zu ~0,97–0,98) über die Spike-in-Werte hinweg, was eine zuverlässige Quantifizierung unterstützt. Darüber hinaus ist die P2 Der Workflow zeigt Robustheit über Platten, Chargen, Labore und Blutentnahmemethoden hinweg und unterstreicht seine Eignung für groß angelegte klinische Proteomikstudien.

Eine aktuelle unabhängige Studie (Völlmy et al., Journal of Proteome Research 2026) berichtete über den ersten direkten Vergleich, der die quantitative Leistung verschiedener Technologien zur proteomischen Anreicherung im tiefen Plasma bewertete. Die auf Perlen basierenden Anreicherungstechnologien übertrafen die auf Antikörpern basierenden Depletion-Workflows in der proteomischen Tiefe Bereichern istBei Verwendung von nur 20 µL Eingangsmaterial besteht eine hohe Korrelation zu reinem Plasma (r ≈ 0,7), was darauf hindeutet, dass sich die relativen Häufigkeitsprofile der Plasmaproteine ​​nicht wesentlich ändern. Das Neue P2 Die Technologie erreichte die höchste Tiefe (~4.040 Proteine ​​bei 50 µL Input) mit einem mittleren CV von 18,4 %. Die Autoren berichteten, dass die Messungen der als sezerniert gekennzeichneten Proteine ​​nicht wesentlich beeinträchtigt wurden, was eine zuverlässige Quantifizierung biologisch relevanter Plasmaproteine ​​ermöglichte.

Markku Varjosalo, PhD, Programmdirektor, Institut für Biotechnologie, HiLIFE, Medizinische Fakultät, Universität Helsinki und wissenschaftlicher Direktor, Helsinki Proteomics Center, sagte: „Am Helsinki Proteomics Center haben wir im Wesentlichen alle wichtigen Strategien zur Plasmaverarmung/-anreicherung auf dem Markt bewertet. Wenn es auf die Tiefe ankommt, liegt P2-iST immer an der Spitze. Für uns war es ein Game-Changer – es gibt jedem Labor robuste, tiefe Plasma-Proteomik in die Hände, ohne teure proprietäre Hardware. Die Reproduzierbarkeit und Tiefe mit P2-iST machen es ideal für mittelgroße klinische und translationale Plasmastudien.“

Carina Sihlbom Wallem, PhD, Leiterin der Proteomics Core Facility, Universität Göteborg, BioMS und SciLifeLab, sagte: „Durch die Hinzufügung von P2 Plasma Proteomics Enrichment können wir unseren Anwendern nun ein breiteres und umfassenderes Spektrum an Lösungen anbieten. Wir sind dem Biognosys-Team für die hervorragende Partnerschaft sowie für seine Professionalität und seinen Einsatz bei der Einrichtung des Arbeitsablaufs in unserer Einrichtung dankbar.“

Der integrierte LC-MS-Workflow ermöglicht skalierbare, tiefgreifende Proteomik aus FFPE-Gewebe:

Biognosys präsentiert eine optimierte End-to-End-Lösung für die FFPE-Proteomik, die erstklassige Probenvorbereitung, Trennung und Datenanalyse kombiniert. Der integrierte Workflow nutzt PreOmics BeatBox Und iSTgepaart mit Bruker’s PepSep Fortschrittlich Säulen auf dem nanoElute 2, timsTOF und Spektronautum eine skalierbare FFPE-Analyse mit hohem Durchsatz von der Probe bis zum Ergebnis zu ermöglichen. Der plattenbasierte Arbeitsablauf macht eine Entparaffinierung überflüssig und erleichtert die effiziente Bearbeitung retrospektiver klinischer Kohorten. Es unterstützt verschiedene FFPE-Formate, einschließlich Curls, Punches und Mikrodissektion, und ermöglicht die Identifizierung von etwa 5.000 Proteingruppen aus nur zwei FFPE-Curls, wodurch es sich für groß angelegte Biomarker-Entdeckungsstudien eignet.

Salla Keskitalo, PhD, Abteilungsleiterin der Viikki Proteomics Unit, Universität Helsinki, Finnland, sagte: „Die BeatBox hat unsere Proteomik-Arbeitsabläufe optimiert, insbesondere für anspruchsvolle FFPE- und Gewebeproben. Ihre Robustheit, einfache Automatisierung und Kompatibilität mit Evosep One in Verbindung mit timsTOF- oder Astral-Systemen haben BeatBox zu einem unverzichtbaren Bestandteil für die Hochdurchsatz- und reproduzierbare klinische Proteomik gemacht.“

Biognosys verbessert die Leistung von PepSep nanoLC für die Hochdurchsatz-Proteomik: Die fortschrittliche nanoLC-Leistung integriert das Bruker proteoElute LC-System mit PepSep Fortschrittlich Spalten gekoppelt an timsTOF und Spektronaut 21. Der Arbeitsablauf demonstriert eine robuste Hochdurchsatz-Proteomik mit stabilem Betrieb über ausgedehnte Erfassungen bis zu 12 Tagen ohne Eingriff, wobei Abweichungen der Retentionszeit unter 1 % gehalten werden. Abhängig von der Gradientenlänge wird eine hohe Proteomtiefe mit bis zu ~10.600 Proteingruppen erreicht und gleichzeitig eine hohe quantitative Präzision gewährleistet (CV ~20 %). Das System minimiert die Verschleppung selbst bei hohen Probenmengen auf unter 1 %, unterstützt durch optimierte Waschstrategien, die Restkontaminationen reduzieren und so eine zuverlässige, reproduzierbare Analyse in anspruchsvollen Hochdurchsatzumgebungen ermöglichen.

Das MxQuant-Kit führt hybride gezielte und ungezielte Metabolomik auf timsMetabo ein: Bruker und Biokraten erweitern die standardisierte quantitative Metabolomik und stellen gleichzeitig einen neuartigen Arbeitsablauf vor, der quantitative gezielte Metabolomik mit ungezielter Entdeckung auf der timsMetabo-Plattform vereint. Biokrates‘ Quantitative Kits sind jetzt auch für Arbeitsabläufe mit dem EVOQ Triple Quadrupol verfügbar und ermöglichen standardisierte, kitbasierte zielgerichtete und absolute Quantifizierungsansätze innerhalb bekannter LC-TQ-MS-Operationen. Dies erweitert den routinemäßigen Zugriff auf reproduzierbare, vergleichbare Metabolomics-Daten mit integrierter Qualitätskontrolle und optimierten Methoden, die für die Skalierung in translationalen und angewandten Forschungsumgebungen konzipiert sind. Biognosys bietet diese gezielten Arbeitsabläufe nun in seinem Labor in Massachusetts als CRO-Service an Biokraten gezielte, absolute quantitative Metabolomik. Diese CRO-Option ermöglicht qualitativ hochwertige quantitative Metabolomik ohne internen Methodeneinsatz und unterstützt einen schnellen Projektstart, Kapazitätsskalierung und standardisierte Datengenerierung für Studien an mehreren Standorten.

Bruker stellt einen neuartigen Hybrid-Metabolomik-Workflow vor, der quantitative Messungen kombiniert, die durch ermöglicht werden Biokraten Kits mit Entdeckung auf dem timsMetabo in einem einzigen integrierten Experiment. Dieser hybride Quantifizierungs- und Entdeckungsworkflow adressiert eine zentrale Herausforderung in der Metabolomik: die Notwendigkeit, standardisierte quantitative Genauigkeit mit explorativer Breite zu kombinieren, ohne den Probenverbrauch, die Instrumentierungszeit oder die Methodenkomplexität zu verdoppeln, um Erkenntnisse zur Krankheitsbiologie in der translationalen Forschung und Exposomik im Populationsmaßstab zu gewinnen.

Durch die Kombination quantitativer Metabolomik mit Entdeckung auf timsMetabo vereinheitlichen wir gezielte und ungezielte Arbeitsabläufe auf eine Weise, die datenreiche und zukunftssichere digitale Metabolomarchive erstellt.“

Matthew Lewis, PhD, Vizepräsident – ​​Metabolomics und Lipidomics, Bruker

Quellen:

Biognosys Group